"Akira" evreninde, 1988'de Tokyo'nun nükleer bir patlama ile yok edilmesinin ardından Üçüncü Dünya Savaşı patlak verdi. Manga hikayesi, bu felaketten 31 yıl sonrasını anlatmaktadır. Savaş sona ermiş, eski başkentin yerine Neo-Tokyo adlı yeni bir şehir inşa edilmiştir. Bu, yoksulluk ve suçla sızlayan büyük bir apse olup devrim eşiğindedir, ancak totaliter hükümet tüm sorunları sadece güç kullanarak çözmeye çalışmaktadır. Eski Tokyo kalıntılarını araştıran bir grup genç motosikletçi, yaşlı görünümlü tuhaf bir çocukla karşılaşır. Motosikletçilerden biri olan Tetsuo Shima, onun yüzünden bir kaza geçirir. İyileştikten sonra Tetsuo'da doğaüstü yetenekler uyanır ve bu yetenekler arttıkça zihni kararmaya başlar, eski arkadaşı ve çete lideri Kaneda'ya karşı eksiklik ve kıskançlık duyguları yoğunlaşır. Bu arada Kaneda, harabelerde karşılaştıkları çocuk hakkında daha fazla bilgi edinmeye çalışırken albay Shikishima'nın yönetimindeki gizli bir hükümet projesini keşfeder. Meğerse askerler, Tetsuo'da uyananlara benzer yeteneklere sahip birkaç çocuk üzerinde uzun süredir deneyler yapmaktadır. Ne yazık ki, askerler bazen deneylerinin güçlerini kontrol etmekte zorlanmaktadır...